한반도 남단에 위치한 우리 목포노회는 지금부터 105년 전인 1894년 4월 18일에 미국 남장로교 이눌서 선교사와 유대모 의료 선교사가 목포에 첫 발을 내딛음으로서 시작되었다.
1896년 2월 11일에 이눌서, 배유지 선교사가 목포에 1,500평의 땅을 구입함으로서 복음의 전진기지가 구축되었고, 1897년 3월 5일에 배유지 선교사와 변창연 조사에 의하여 목포교회가 최초로 창립되었으며, 1906년 4월 10일에 목포교회 변요한 선교사는 임성옥씨를 장로로 장립하여 목포지역의 최초의 당회를 조직하였다.

1917년 9월 17일에 목포 양동교회에서 전남노회가 조직(목사10인, 장로13인)되었고 그후 29년이 지난 1946년에 전남노회 제36회 3차 임시노회시에 목포노회 분립을 가결하고 이듬해인 1947년 4월 18일 대구에서 모인 제33회 총회에서 목포노회 분립이허락되니 그해 곧 47년 5월 13일 조선예수교장로회 목포노회가 양동교회당에서 창립(목사18인, 장로33인, 선교사1인)되었다.

노회가 창립되기 석 달 전 인 1947년 2월 20일에 한국 기독교회의 지도자 양성을 위하여 목포고등성경학교(이사장:이남규목사, 교장:이근택목사)를 설립하여 선지학도를 교육시켜오던 중 1998년도에 제41회 졸업생을 마지막으로 남학생 502명, 여학생 102명, 총계 604명을 배출하여 한국교회에 크게 기여하고 있다.
목포고등성경학교는 개교한지 41년만에 폐교하고, 이어 1983년에 설립 운영해오던 목포신학교는 목포개혁신원으로 명칭 변경한 후 1993년 제78회 총회의 인준을 받아 신학교육을 실시하니 1998년 제17회 졸업생까지 총141명의 신학생을 배출하였다.

1947년 7월 21일에 목포노회 사무소를 목포고등성경학교에 두었으며(총무:이근택) 1948년 7월 15일에 목포노회 재단을 전남노회에서 분립하였다.
1949년 4월 19일에 열린 제35회 총회에서 '조선예수교장로회'라는 교단명칭을 '대한예수교장로회'라 변경함으로 우리 노회도 '대한예수교장로회 목포노회'로 교단명칭이 변경되었다 1949년 8월6일에 목포노회 청년대회(회장:박요한)가 조직되니 오늘날 '청장년 면려 연합회'의 전신이다.

1950년 6월 25일에 발발한 한국전쟁으로 우리 목포노회는 무려 200명의 성도들이 순교의 피를 흘렸으나 하나님의 나라는 오히려 더 크고 더 넓게 부흥발전 되었다.
1951년 9월 25일에 오늘날 여전도연합회의 전신인 부인전도회가 창립(회장;김조홍)되었고, 1953년 6월 10일 제38회 총회에서 기장이 분립되어 나가는 뼈아픈 역사가 있었다. 그리고 1957년 3월 11일 재단법인 대한예수교장로회 목포노회 유지재단이 동부와 서부 각각 문교부장관의 허가를 받아 설립되었다.(동부설립자: 황복규)
기장이 분립되어 나간지 6년 만인 1959년 9월 28일, 제44회 총회에서 통합측과 또 분열되는 아픔을 겪어야 하였다. 그리고 1979년 9월. 제64회 총회에서 또다시 합동측과 분열됨으로 본 노회도 분열되는 큰 고통을 겪어야 하였다.
그러나 본 노회는 분열의 아픔을 딛고 다시 일어나 연부년 부흥발전 되는 중에 1994년 4월에 열린 제77회 정기노회 시에 해진시찰회를 해남시찰회와 진도시찰회로 분립하였으며, 1994년 4월, 제78회 정기노회 시에 노회 분립연구위원(목사14인, 장로4명)을 두어 연구케 한 후 1995년 10월, 제80회 정기노회 시에 행한 노회분립을 위한 투표을 하였으나 부결되었다.

1996년 4월, 제81회 정기노회에서 노회 위임국을 폐지하고 각 시찰회로 위임국을 조직하여 행사를 주관케 함으로서 보다 많은 회원들에게 봉사의 기회를 주었다.
그리고 지방사업비도 획기적으로 상향조정함(40%-60%)으로서 노회의 업무를 대폭 지방 시찰회로 이관하여 줌으로서 지방 분권화 시대를 열어주었다.
1997년 4월, 제83회 정기노회시 은퇴장로에게 기념품을 증정키로 가결하였다.
1997년 10월, 제84회 정기노회시 임원선거 방법에 있어 노회장은 목사 부노회장을 기립박수로 추대키로 하는 문구로 노회규칙을 개정하고, 은급부의 사업을 시행키로 하니 정년 은퇴 목사나, 건강상 목회를 중단한 목사가 은퇴할 때 은급비를 지급키로 가결하여 현재 시행중이다

1998년 10월, 제86회 정기노회시 본 노회 역사자료를 CD로 제작키로 가결하고 그 위원(김일남,서명환,양태순)을 두어 사업을 추진하니 이듬해인 1999년 4월, 정기노회시에 노회 역사자료 CD를 제작 보급하였다.
1999년 10월, 제88회 정기노회 시에 본 노회 인터넷 홈페이지 구축, 운영의 건이 가결됨으로서 명실상부 선진 노회로서의 면모를 세계만방에 널리 선양하게 되었다.
본 노회는 국내외 선교에 역점을 두어 수년 전부터 선교부가 활발히 선교하고 있는데 해외 선교사 28명을 후원하고 있다.
현재 본 노회는 대한예수교장로회 개혁교단에 몸담아 오면서 장족의 발전을 거듭하여 오던 중 1998년 12월 15일에 거행된 9개 교단 대 통합의 기쁨 속에 현재 6개 시찰(목포,무안,영강,해남,장완,진도), 185개 교회, 2만 4천 여명의 성도가 함께 섬기고 있는 노회이다.

주후 2000년 9월 19일-21일까지 광주중앙교회[변한규목사시무]에서 열린 제85회 총회 시[고병학목사]에 총회가 분열되는 아픔을 겪게 됨으로 본 노회는 서울 중부권과 전남권[함평,목포, 순천, 여수]과 함께하는 개혁[서울측] 총회[조경일목사]에 속하였다

그 후 주후2004년 9월 21일-24일까지 일산, 대림교회당[이병호목사시무]에서 열린 제89회 총회[박만휘목사]시에 그동안 내분양상을 보여왔던 데로 총회가 비상정회로 파하게 됨으로 본 노회는 개혁측[서울]과의 관계를 중단하고 전남광주 8개 노회와, 중부권 노회들과의 연대를 이뤄오다가 2004년 12월 20일 새에덴교회당[소강석목사시무]에서 개혁[광주측]을 비롯한 중부권을 아우르는 대통합을 이루어 통합총회[홍정이 목사]에 속하게 되었다.

그 후 주후2005년 9월 27일-30일까지 대전중앙교회당[최병남목사]열린 제90회 총회[서기행목사]시에 본 노회가 속한 통합총회와 합동 교단과의 합동을 이룸으로서 본 노회는 26년 만에 다시금 합동교단[황승기 목사]으로 복귀하게 되었다.