최근 예장합동 내에 있었던 총회장과 총무 사이의 갈등 양상이 ‘총회 장소’문제로 번졌다. 합동 교단지 기독신문은 “제주총회 개최 여부 속히 단안 내려라”라는 제목의 사설을 통해 논란의 한 단면을 보여줬다.
 
사설은 “제91회 총회 임원회는 제주 총회 관련 준비 실무를 총회에게 맡겼고 이에 따라 총회본부는 모 여행사와 계약(혹은 가계약)을 맺었다는 소문”이라며 “그런데 이 과정에서 제주노회의 입장은 고려되지 않았다는 것”이라고 문제를 제기했다.
 
이와 관련 장차남 직전총회장은 “90회 총회에서 제주선교100주년을 기념해 제주에서 총회를 개최해 달라는 헌의가 제주노회에서 들어왔고 이를 91회 총회에서 동의했다.”고 설명하고 “91회 총회에서 구체적인 진행은 임원회의 결의에 맡기기로 한 사항”이라며 현재 진행되고 있는 제주 총회가 문제 될 것이 없다는 입장을 분명히 했다.
 
또 장 목사는 “이미 진행된 상황에서 이래라 저래라 할 수 있나.”며 “우리 임원회에서 실무 문제는 총무실에서 맡아서 하기로 한 것”이라고 밝혔다. 이어 “합동은 제주에 있는 교회들이 작아 총회 장소를 빌릴 수 없었다.”며 “다른 기관이 컨벤션센터를 계약하기 전에 빨리 결정하게 됐고 준비와 실무는 총회 임원가운데 서기, 회계, 총무에게 맡겼다.”고 설명했다.
 
이번 논란과 관련해서도 장 목사는 “실무진들이 계약한 것을 총회장은 받아들여야 한다.”며 “총회 진행은 총무실에서 하는 것이다. 총회 준비를 현 임원이 맡아서 하는 것이 문제 될 것 없다.”는 입장을 밝혔다

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김용실 총회장도 6일 뉴스파워와의 전화통화에서 "일부에서 제주총회 장소를 변경하자는 주장이 나오고 있으나, 천재지변이 일어나지 않는 한 총회 장소를 변경할 수 없다"는 입장을 밝혔다. 따라서 교단 내부에서 논란이 되고 있는 제주총회 장소와 준비 논란은 끝날 것으로 전망된다