국세청은 현행 상속세 및 증여세법 시행령 규정에 의한 "공익법인 등의 세무확인 규정"을 국세청고시 제2007-10호(2007. 5. 1)로 개정 고시했습니다.

개정된 고시는 현행과 마찬가지로 최종 과세기간 또는 사업연도 종료일 현재 대차대조표상 총자산가액이 30억원 이상인 교회로서 ‘법인으로 보는 단체’로 승인받은 경우 2년마다 2년간의 세무확인을 받아야 합니다. 

그러나 불특정 다수인으로부터 재산을 출연받은 교회의 경우에는 제외토록 되어 있습니다.

여기서 말하는 세무확인은 3인 이상의  세무사, 회계사 등 외부전문가로부터 교회가 작성한 상속세 및 증여세법시행규칙 상의 서식<제출서류>의 적정여부를 검증하고 세무확인서를 작성 하는 것입니다. 

<제출서류>

1.공익법인 등의 세무확인서[별지 제1호 서식](2007.5.1개정)
2.공익법인 등의 세무확인 결과 집계표[별지 제2호 서식](2007.5.1개정)
3.출연자 등 특수관계인 사용수익명세서[별지 제3호 서식](2007.5.1개정)
4.수혜자 선정 부적정명세서[별지 제4호 서식](2007.5.1개정)
5.재산의 운용 및 수익사업내역 부적정명세서[별지 제5호 서식](2007.5.1개정)
6.장부의 작성․비치 의무 불이행 등 명세서[별지 제6호 서식](2007.5.1개정)
7.보유부동산명세서[별지 제7호 서식](2007.5.1개정)

세무확인은 교회가 비치하고 있는 장부 및 증빙서류에 따라 작성해야 하며, 장부 등이 사실과 다른 경우에는 외부전문가가 확인한 사실에 따라 작성해야 합니다. 

또한 교회는 외부전문가가 작성한 세무확인서 등에 증빙서류를 첨부해 과세기간 또는 사업연도의 종료일로부터 3월 이내에 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다.  

아울러 외부전문가가 교회의 세무확인업무를 성실히 수행하지 않거나 사실과 다르게 세무확인서를 작성하는 경우 세무서장이 처벌을 요청할 수 있으며. 이 경우 외부전문가는 3년간 공익법인 등 세무확인 업무를 수행할 수 없게 되었습니다. 

그리고 교회가 세무확인 의무를 이행하지 않았을 경우에는 (당해연도수입금액 + 출연재산가액) × 0.07%의  가산세가 부과됩니다.